PLFSS 2026 : les amendements pour revenir sur le coup de rabot prévu sur les JEI rejetés en commission / Le relèvement du seuil de dépenses de R&D à réaliser pour y être éligible en cause

L’examen du projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) pour 2026 se poursuit en commission des Affaires sociales de l’Assemblée nationale. Et mauvaise nouvelle, pour l’heure, pour les jeunes entreprises innovantes (JEI). Les deux amendements déposés par le député Ensemble pour la République Paul Midy, qui visaient à revenir sur le coup de rabot prévu sur le dispositif dans la version initiale du texte, ont été rejetés mardi par les députés de la commission.

Le PLFSS pour 2026 prévoit en effet de restreindre de nouveau le dispositif JEI, permettant aux entreprises coiffées de ce statut de bénéficier de certaines aides ou avantages sociaux et fiscaux, en rehaussant le taux minimal de dépenses de R&D à déployer pour y être éligibles de 20 % à 25 % de leurs charges. " L’exonération applicable aux jeunes entreprises innovantes, qui a également fait l’objet d’une première réforme en LFSS pour 2025 (en portant le seuil de dépenses de R&D pour l’obtenir de 15 % à 20 %, ndlr), se distingue par son effet de substitution de la dépense publique à la dépense privée qu’elle engendre et son efficacité marginale limitée sur la création d’emploi. Il est ainsi proposé de centrer le volet social du dispositif sur les entreprises qui investissent le plus en recherche et développement", explique l’exposé des motifs de la copie gouvernementale.

Les deux amendements concernés visaient à ramener le taux de dépenses de R&D minimal à celui actuellement en vigueur, ou bien à celui qui avait été établi avant la loi de financement de la Sécurité sociale de 2025, soit 15 %. Ce nouveau relèvement exclurait de fait des centaines de start-ups et de PME du dispositif, regrette l’exposé sommaire des amendements, générerait une hausse du coût du travail de 30 % du jour au lendemain pour "ces entreprises qui n’ont quasiment pas de trésorerie et détruirait des centaines voire des milliers d’emplois", insiste-t-il

Un sujet spécifique pour les start-ups d’IA ?

"C’est sans mentionner toutes les start-ups déjà exclues du statut cette année à la suite du rehaussement du seuil dans le budget 2025, alors même qu’elles ont réinvesti en R & D et recruté des chercheurs pour y être de nouveau éligibles", alertait de son côté France Digitale, l’association représentant les start-ups françaises, dans son avis rendu sur le projet de budget pour 2026. Si les emplois dans les start-ups françaises sont restés orientés à la hausse au premier semestre, ils ont connu leur premier coup de frein depuis deux ans à compter du mois de septembre : les jeunes pousses tricolores ont supprimé plus d’emplois qu’elles n’en ont créés sur la période, rapporte le dernier baromètre à ce sujet réalisé par Numeum. Et si le solde de 2025 reste positif (et supérieur à celui des neuf premiers mois de 2024), la tendance s’affiche toutefois à la dégradation, mois après mois, depuis janvier.

Ce nouveau relèvement serait par ailleurs tout particulièrement nocif pour les start-ups d’intelligence artificielle, avance l’exposé, car les coûts de calcul pour entraîner les modèles d’IA ne sont pas pris en compte pour fixer le taux de R&D, poursuit-il. "Atteindre un taux de 15 % pour ces start-ups de l’IA est déjà compliqué à cause de cela", indique l’exposé.

Pour mémoire, le dispositif de JEI avait été renforcé et élargi, au travers de loi de finances de 2024, notamment en introduisant de nouvelles catégories d’entre elles, comme les jeunes entreprises innovantes de rupture (JEIR). Ces dernières, autrement appelées les deeptechs, ont par exemple besoin de témoigner d’un seuil minimal de dépenses de R&D de 30 % pour être éligibles plus spécifiquement à ce statut.